学院目前拥有软件工程一级学科博士点，招收软件工程专业的博士和学术型硕士（双证，全日制）研究生。依托学院在软件工程理论、海量数据处理、可信嵌入式软件、软件服务工程、程序验证等方向的研究实力，培养具有服务国家基础战略研究事业胸怀、独立的研究创新能力和专业可持续发展潜力、参与国际学术竞争能力的硕士和博士研究生。
目前已经规划和实施了以优秀研究生培养为核心的研究生培养体系，将扎实的专业理论基础和学术品德与能力训练贯穿研究生教育过程。学院创造了良好的科研条件和创新氛围，为研究生提供各种学术资源和交流机会，先后与新加坡国立大学、德国多特蒙德大学签订了联合培养研究生的协议，有多名研究生赴法国、新加坡、美国留学交流。研究生也通过参与学院组织的国际会议、学术交流等活动与国际国内的大师人物探讨交流，拓宽国际视野。
学术型研究生招生规模逐步扩大，现有博士生48人，硕士生91人。博士研究生和硕士研究生在学期间参与了各种973项目、863项目、国家自然科学重点基金项目的研究，在国内外学术期刊和重要学术会议上发表了高水平学术论文。
目前学院拥有一批学术造诣深厚、教学科研突出的教师队伍，包括2名院士，2名国家杰青、2名上海优秀学科带头人、2名曙光学者、3名青年科技启明星、1名浦江人才。现有教授20人(含兼职)，副教授26人，具有博士学位的超过80%。正形成以学科带头人为先导，以精品团队为基石的结构合理的学术梯队在内的优秀指导教师队伍。目前有博士生导师15人(何积丰、***、周傲英、陈豪、陈仪香、陈勇、曾振柄、刘静、郁文生、朱明华、朱惠彪、王晓玲、刘海涛、高建华（兼职）、邢涛（兼职）)，硕士生导师39人。
学生毕业后可到大型企业从事相关研发工作，也可到高校和研究机构从事相关专业领域的教学和研究工作。
